Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- r:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:43] – hkimscil
+++ r:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:51] – hkimscil
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Repeated measures ANOVA ======
+====== e.g. 1 ======
 <code>
 demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")
@@ Line 82: / Line 83: @@
 >
 >
+</code>
+====== e.g. 2 ======
+<code>
+demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
+## Convert variables to factor
+demo2 <- within(demo2, {
+  group <- factor(group)
+  time <- factor(time)
+  id <- factor(id)
+})
+demo2
+par(cex = .6)
+with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse,
+  ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
+  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
+demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2)
+summary(demo2.aov)
+</code>
+{{:r:pasted:20200604-004924.png}}
+<code>
+>
+> demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
+> ## Convert variables to factor
+> demo2 <- within(demo2, {
++     group <- factor(group)
++     time <- factor(time)
++     id <- factor(id)
++ })
+>
+> demo2
+   id group pulse time
+   1     1    14    1
+   1     1    19    2
+   1     1    29    3
+   2     1    15    1
+   2     1    25    2
+   2     1    26    3
+   3     1    16    1
+   3     1    16    2
+   3     1    31    3
+  4     1    12    1
+  4     1    24    2
+  4     1    32    3
+  5     2    10    1
+  5     2    21    2
+  5     2    24    3
+  6     2    17    1
+  6     2    26    2
+  6     2    35    3
+  7     2    19    1
+  7     2    22    2
+  7     2    32    3
+  8     2    15    1
+  8     2    23    2
+  8     2    34    3
+>
+> par(cex = .6)
+>
+> with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse,
++                              ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
+>
+> demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2)
+> summary(demo2.aov)
+Error: id
+          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
+group      1  15.04   15.04   0.836  0.396
+Residuals  6 107.92   17.99
+Error: Within
+           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)
+time        2  978.2   489.1  53.684 1.03e-06 ***
+group:time  2    1.1     0.5   0.059    0.943
+Residuals  12  109.3     9.1
+---
+Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
+>
+</code>
+====== e.g. 3 ======
+<code>
+demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv")
+## Convert variables to factor
+demo3 <- within(demo3, {
+  group <- factor(group)
+  time <- factor(time)
+  id <- factor(id)
+})
+demo3
+par(cex = .6)
+with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse,
+  ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3,
+  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
+demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3)
+summary(demo3.aov)
+</code>
+{{:r:pasted:20200604-005114.png}}
+<code>
+> demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv")
+> ## Convert variables to factor
+> demo3 <- within(demo3, {
++     group <- factor(group)
++     time <- factor(time)
++     id <- factor(id)
++ })
+>
+> demo3
+   id group pulse time
+   1     1    35    1
+   1     1    25    2
+   1     1    16    3
+   2     1    32    1
+   2     1    23    2
+   2     1    12    3
+   3     1    36    1
+   3     1    22    2
+   3     1    14    3
+  4     1    34    1
+  4     1    21    2
+  4     1    13    3
+  5     2    57    1
+  5     2    43    2
+  5     2    22    3
+  6     2    54    1
+  6     2    46    2
+  6     2    26    3
+  7     2    55    1
+  7     2    46    2
+  7     2    23    3
+  8     2    60    1
+  8     2    47    2
+  8     2    25    3
+>
+> par(cex = .6)
+>
+> with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse,
++                              ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3,
++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
+>
+> demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3)
+> summary(demo3.aov)
+Error: id
+          Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)
+group      1 2035.0  2035.0   343.1 1.6e-06 ***
+Residuals  6   35.6     5.9
+---
+Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
+Error: Within
+           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)
+time        2 2830.3  1415.2   553.8 1.52e-12 ***
+group:time  2  200.3   100.2    39.2 5.47e-06 ***
+Residuals  12   30.7     2.6
+---
+Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
+>
 </code>