COMMunication
RESearch.NET

User Tools

Site Tools

You are here: index » r » repeated_measures_anova
Trace:
r:repeated_measures_anova

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Last revisionBoth sides next revision
r:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:43] – hkimscilr:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:53] – [e.g. 3] hkimscil
Line 1: Line 1:
 ====== Repeated measures ANOVA ====== ====== Repeated measures ANOVA ======
 +====== e.g. 1 ======
 <code> <code>
 demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv") demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")
Line 9: Line 10:
 }) })
  
 +demo1
 +
 +par(cex = .6)
 +
 +with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse,
 +  ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +
 +demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1)
 +summary(demo1.aov)
 +
 +</code>
 +
 +{{:r:pasted:20200604-004212.png}}
 +<code>
 +> 
 +> demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")
 +> ## Convert variables to factor
 +> demo1 <- within(demo1, {
 ++     group <- factor(group)
 ++     time <- factor(time)
 ++     id <- factor(id)
 ++ })
 +> 
 > demo1 > demo1
    id group pulse time    id group pulse time
Line 35: Line 60:
 23  8     2    15    2 23  8     2    15    2
 24  8     2    15    3 24  8     2    15    3
 +> par(cex = .6)
 +> 
 +> with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse,
 ++                              ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +> 
 +> demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1)
 +> summary(demo1.aov)
  
 +Error: id
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)    
 +group      1 155.04  155.04    3721 1.3e-09 ***
 +Residuals  6   0.25    0.04                    
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
  
 +Error: Within
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
 +time        2 0.0833 0.04167       1  0.397
 +group:time  2 0.0833 0.04167       1  0.397
 +Residuals  12 0.5000 0.04167               
 +> 
 +> 
 +</code>
 +====== e.g. 2 ======
 +<code>
 +demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
 +## Convert variables to factor
 +demo2 <- within(demo2, {
 +  group <- factor(group)
 +  time <- factor(time)
 +  id <- factor(id)
 +})
 +
 +demo2
  
 par(cex = .6) par(cex = .6)
  
-with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, +with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse, 
-  ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,+  ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
   ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))   ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
  
-demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1) +demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2) 
-summary(demo1.aov)+summary(demo2.aov)
  
 </code> </code>
- +{{:r:pasted:20200604-004924.png}}
-{{:r:pasted:20200604-004212.png}}+
 <code> <code>
 >  > 
-> demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")+> demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
 > ## Convert variables to factor > ## Convert variables to factor
-> demo1 <- within(demo1, {+> demo2 <- within(demo2, {
 +     group <- factor(group) +     group <- factor(group)
 +     time <- factor(time) +     time <- factor(time)
 +     id <- factor(id) +     id <- factor(id)
 + }) + })
 +> 
 +> demo2
 +   id group pulse time
 +1   1     1    14    1
 +2   1     1    19    2
 +3   1     1    29    3
 +4   2     1    15    1
 +5   2     1    25    2
 +6   2     1    26    3
 +7   3     1    16    1
 +8   3     1    16    2
 +9   3     1    31    3
 +10  4     1    12    1
 +11  4     1    24    2
 +12  4     1    32    3
 +13  5     2    10    1
 +14  5     2    21    2
 +15  5     2    24    3
 +16  6     2    17    1
 +17  6     2    26    2
 +18  6     2    35    3
 +19  7     2    19    1
 +20  7     2    22    2
 +21  7     2    32    3
 +22  8     2    15    1
 +23  8     2    23    2
 +24  8     2    34    3
 >  > 
 > par(cex = .6) > par(cex = .6)
 >  > 
-> with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, +> with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse, 
-+                              ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,++                              ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
 +                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) +                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 >  > 
-> demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1) +> demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2) 
-> summary(demo1.aov)+> summary(demo2.aov) 
 + 
 +Error: id 
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 
 +group      1  15.04   15.04   0.836  0.396 
 +Residuals  6 107.92   17.99                
 + 
 +Error: Within 
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     
 +time        2  978.2   489.1  53.684 1.03e-06 *** 
 +group:time  2    1.1     0.5   0.059    0.943     
 +Residuals  12  109.3     9.1                      
 +--- 
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
 +>  
 +</code> 
 +====== e.g. 3 ====== 
 +<code> 
 +demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv") 
 +## Convert variables to factor 
 +demo3 <- within(demo3, { 
 +  group <- factor(group) 
 +  time <- factor(time) 
 +  id <- factor(id) 
 +}) 
 + 
 +demo3 
 + 
 +par(cex = .6) 
 + 
 +with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse, 
 +  ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 + 
 +demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3) 
 +summary(demo3.aov) 
 +</code> 
 +{{:r:pasted:20200604-005114.png}} 
 +<code> 
 +> demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv") 
 +> ## Convert variables to factor 
 +> demo3 <- within(demo3, { 
 ++     group <- factor(group) 
 ++     time <- factor(time) 
 ++     id <- factor(id) 
 ++ }) 
 +>  
 +> demo3 
 +   id group pulse time 
 +1   1     1    35    1 
 +2   1     1    25    2 
 +3   1     1    16    3 
 +4   2     1    32    1 
 +5   2     1    23    2 
 +6   2     1    12    3 
 +7   3     1    36    1 
 +8   3     1    22    2 
 +9   3     1    14    3 
 +10  4     1    34    1 
 +11  4     1    21    2 
 +12  4     1    13    3 
 +13  5     2    57    1 
 +14  5     2    43    2 
 +15  5     2    22    3 
 +16  6     2    54    1 
 +17  6     2    46    2 
 +18  6     2    26    3 
 +19  7     2    55    1 
 +20  7     2    46    2 
 +21  7     2    23    3 
 +22  8     2    60    1 
 +23  8     2    47    2 
 +24  8     2    25    3 
 +>  
 +> par(cex = .6) 
 +>  
 +> with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse, 
 ++                              ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 +>  
 +> demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3) 
 +> summary(demo3.aov)
  
 Error: id Error: id
           Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)               Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)    
-group      1 155.04  155.04    3721 1.3e-09 *** +group      1 2035.0  2035.0   343.1 1.6e-06 *** 
-Residuals  6   0.25    0.04                    +Residuals  6   35.6     5.9                    
 --- ---
 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
  
 Error: Within Error: Within
-           Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     
-time        2 0.0833 0.04167       1  0.397 +time        2 2830.3  1415.2   553.8 1.52e-12 *** 
-group:time  2 0.0833 0.04167       1  0.397 +group:time  2  200.3   100.2    39.2 5.47e-06 *** 
-Residuals  12 0.5000 0.04167               +Residuals  12   30.7     2.6                      
 +--- 
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
 +> 
 +</code> 
 + 
 +====== e.g. 4 ====== 
 +<code> 
 +demo4 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo4.csv") 
 +## Convert variables to factor 
 +demo4 <- within(demo4, { 
 +  group <- factor(group) 
 +  time <- factor(time) 
 +  id <- factor(id) 
 +}) 
 + 
 +demo4 
 + 
 +par(cex = .6) 
 + 
 +with(demo4, interaction.plot(time, group, pulse, 
 +  ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 + 
 +demo4.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo4) 
 +summary(demo4.aov) 
 + 
 +</code> 
 + 
 +<code>
 >  > 
 +> demo4 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo4.csv")
 +> ## Convert variables to factor
 +> demo4 <- within(demo4, {
 ++     group <- factor(group)
 ++     time <- factor(time)
 ++     id <- factor(id)
 ++ })
 +> 
 +> demo4
 +   id group pulse time
 +1   1     1    35    1
 +2   1     1    25    2
 +3   1     1    12    3
 +4   2     1    34    1
 +5   2     1    22    2
 +6   2     1    13    3
 +7   3     1    36    1
 +8   3     1    21    2
 +9   3     1    18    3
 +10  4     1    35    1
 +11  4     1    23    2
 +12  4     1    15    3
 +13  5     2    31    1
 +14  5     2    43    2
 +15  5     2    57    3
 +16  6     2    35    1
 +17  6     2    46    2
 +18  6     2    58    3
 +19  7     2    37    1
 +20  7     2    48    2
 +21  7     2    51    3
 +22  8     2    32    1
 +23  8     2    45    2
 +24  8     2    53    3
 +> 
 +> par(cex = .6)
 +> 
 +> with(demo4, interaction.plot(time, group, pulse,
 ++                              ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3,
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +> 
 +> demo4.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo4)
 +> summary(demo4.aov)
 +
 +Error: id
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
 +group      1 2542.0    2542     629 2.65e-07 ***
 +Residuals  6   24.3       4                     
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
 +
 +Error: Within
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
 +time        2      1     0.5   0.079    0.925    
 +group:time  2   1736   868.2 137.079 5.44e-09 ***
 +Residuals  12     76     6.3                     
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
 >  > 
 </code> </code>
r/repeated_measures_anova.txt · Last modified: 2020/06/04 00:53 by hkimscil
Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki