COMMunication
RESearch.NET

User Tools

Site Tools

You are here: index » r » repeated_measures_anova
Trace:
r:repeated_measures_anova

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
r:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:43] – hkimscilr:repeated_measures_anova [2020/06/04 00:53] (current) – [e.g. 4] hkimscil
Line 1: Line 1:
 ====== Repeated measures ANOVA ====== ====== Repeated measures ANOVA ======
 +====== e.g. 1 ======
 <code> <code>
 demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv") demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")
Line 9: Line 10:
 }) })
  
 +demo1
 +
 +par(cex = .6)
 +
 +with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse,
 +  ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +
 +demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1)
 +summary(demo1.aov)
 +
 +</code>
 +
 +{{:r:pasted:20200604-004212.png}}
 +<code>
 +> 
 +> demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")
 +> ## Convert variables to factor
 +> demo1 <- within(demo1, {
 ++     group <- factor(group)
 ++     time <- factor(time)
 ++     id <- factor(id)
 ++ })
 +> 
 > demo1 > demo1
    id group pulse time    id group pulse time
Line 35: Line 60:
 23  8     2    15    2 23  8     2    15    2
 24  8     2    15    3 24  8     2    15    3
 +> par(cex = .6)
 +> 
 +> with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse,
 ++                              ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +> 
 +> demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1)
 +> summary(demo1.aov)
  
 +Error: id
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)    
 +group      1 155.04  155.04    3721 1.3e-09 ***
 +Residuals  6   0.25    0.04                    
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
  
 +Error: Within
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
 +time        2 0.0833 0.04167       1  0.397
 +group:time  2 0.0833 0.04167       1  0.397
 +Residuals  12 0.5000 0.04167               
 +> 
 +> 
 +</code>
 +====== e.g. 2 ======
 +<code>
 +demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
 +## Convert variables to factor
 +demo2 <- within(demo2, {
 +  group <- factor(group)
 +  time <- factor(time)
 +  id <- factor(id)
 +})
 +
 +demo2
  
 par(cex = .6) par(cex = .6)
  
-with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, +with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse, 
-  ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,+  ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
   ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))   ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
  
-demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1) +demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2) 
-summary(demo1.aov)+summary(demo2.aov)
  
 </code> </code>
- +{{:r:pasted:20200604-004924.png}}
-{{:r:pasted:20200604-004212.png}}+
 <code> <code>
 >  > 
-> demo1  <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo1.csv")+> demo2 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo2.csv")
 > ## Convert variables to factor > ## Convert variables to factor
-> demo1 <- within(demo1, {+> demo2 <- within(demo2, {
 +     group <- factor(group) +     group <- factor(group)
 +     time <- factor(time) +     time <- factor(time)
 +     id <- factor(id) +     id <- factor(id)
 + }) + })
 +> 
 +> demo2
 +   id group pulse time
 +1   1     1    14    1
 +2   1     1    19    2
 +3   1     1    29    3
 +4   2     1    15    1
 +5   2     1    25    2
 +6   2     1    26    3
 +7   3     1    16    1
 +8   3     1    16    2
 +9   3     1    31    3
 +10  4     1    12    1
 +11  4     1    24    2
 +12  4     1    32    3
 +13  5     2    10    1
 +14  5     2    21    2
 +15  5     2    24    3
 +16  6     2    17    1
 +17  6     2    26    2
 +18  6     2    35    3
 +19  7     2    19    1
 +20  7     2    22    2
 +21  7     2    32    3
 +22  8     2    15    1
 +23  8     2    23    2
 +24  8     2    34    3
 >  > 
 > par(cex = .6) > par(cex = .6)
 >  > 
-> with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, +> with(demo2, interaction.plot(time, group, pulse, 
-+                              ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3,++                              ylim = c(10, 40), lty = c(1, 12), lwd = 3,
 +                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) +                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 >  > 
-> demo1.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo1) +> demo2.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo2) 
-> summary(demo1.aov)+> summary(demo2.aov) 
 + 
 +Error: id 
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 
 +group      1  15.04   15.04   0.836  0.396 
 +Residuals  6 107.92   17.99                
 + 
 +Error: Within 
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     
 +time        2  978.2   489.1  53.684 1.03e-06 *** 
 +group:time  2    1.1     0.5   0.059    0.943     
 +Residuals  12  109.3     9.1                      
 +--- 
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
 +>  
 +</code> 
 +====== e.g. 3 ====== 
 +<code> 
 +demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv") 
 +## Convert variables to factor 
 +demo3 <- within(demo3, { 
 +  group <- factor(group) 
 +  time <- factor(time) 
 +  id <- factor(id) 
 +}) 
 + 
 +demo3 
 + 
 +par(cex = .6) 
 + 
 +with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse, 
 +  ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 + 
 +demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3) 
 +summary(demo3.aov) 
 +</code> 
 +{{:r:pasted:20200604-005114.png}} 
 +<code> 
 +> demo3 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo3.csv") 
 +> ## Convert variables to factor 
 +> demo3 <- within(demo3, { 
 ++     group <- factor(group) 
 ++     time <- factor(time) 
 ++     id <- factor(id) 
 ++ }) 
 +>  
 +> demo3 
 +   id group pulse time 
 +1   1     1    35    1 
 +2   1     1    25    2 
 +3   1     1    16    3 
 +4   2     1    32    1 
 +5   2     1    23    2 
 +6   2     1    12    3 
 +7   3     1    36    1 
 +8   3     1    22    2 
 +9   3     1    14    3 
 +10  4     1    34    1 
 +11  4     1    21    2 
 +12  4     1    13    3 
 +13  5     2    57    1 
 +14  5     2    43    2 
 +15  5     2    22    3 
 +16  6     2    54    1 
 +17  6     2    46    2 
 +18  6     2    26    3 
 +19  7     2    55    1 
 +20  7     2    46    2 
 +21  7     2    23    3 
 +22  8     2    60    1 
 +23  8     2    47    2 
 +24  8     2    25    3 
 +>  
 +> par(cex = .6) 
 +>  
 +> with(demo3, interaction.plot(time, group, pulse, 
 ++                              ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 +>  
 +> demo3.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo3) 
 +> summary(demo3.aov)
  
 Error: id Error: id
           Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)               Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)    
-group      1 155.04  155.04    3721 1.3e-09 *** +group      1 2035.0  2035.0   343.1 1.6e-06 *** 
-Residuals  6   0.25    0.04                    +Residuals  6   35.6     5.9                    
 --- ---
 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
  
 Error: Within Error: Within
-           Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     
-time        2 0.0833 0.04167       1  0.397 +time        2 2830.3  1415.2   553.8 1.52e-12 *** 
-group:time  2 0.0833 0.04167       1  0.397 +group:time  2  200.3   100.2    39.2 5.47e-06 *** 
-Residuals  12 0.5000 0.04167               +Residuals  12   30.7     2.6                      
 +--- 
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
 +> 
 +</code> 
 + 
 +====== e.g. 4 ====== 
 +<code> 
 +demo4 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo4.csv") 
 +## Convert variables to factor 
 +demo4 <- within(demo4, { 
 +  group <- factor(group) 
 +  time <- factor(time) 
 +  id <- factor(id) 
 +}) 
 + 
 +demo4 
 + 
 +par(cex = .6) 
 + 
 +with(demo4, interaction.plot(time, group, pulse, 
 +  ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3, 
 +  ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) 
 + 
 +demo4.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo4) 
 +summary(demo4.aov) 
 + 
 +</code> 
 +{{:r:pasted:20200604-005331.png}} 
 +<code>
 >  > 
 +> demo4 <- read.csv("https://stats.idre.ucla.edu/stat/data/demo4.csv")
 +> ## Convert variables to factor
 +> demo4 <- within(demo4, {
 ++     group <- factor(group)
 ++     time <- factor(time)
 ++     id <- factor(id)
 ++ })
 +> 
 +> demo4
 +   id group pulse time
 +1   1     1    35    1
 +2   1     1    25    2
 +3   1     1    12    3
 +4   2     1    34    1
 +5   2     1    22    2
 +6   2     1    13    3
 +7   3     1    36    1
 +8   3     1    21    2
 +9   3     1    18    3
 +10  4     1    35    1
 +11  4     1    23    2
 +12  4     1    15    3
 +13  5     2    31    1
 +14  5     2    43    2
 +15  5     2    57    3
 +16  6     2    35    1
 +17  6     2    46    2
 +18  6     2    58    3
 +19  7     2    37    1
 +20  7     2    48    2
 +21  7     2    51    3
 +22  8     2    32    1
 +23  8     2    45    2
 +24  8     2    53    3
 +> 
 +> par(cex = .6)
 +> 
 +> with(demo4, interaction.plot(time, group, pulse,
 ++                              ylim = c(10, 60), lty = c(1, 12), lwd = 3,
 ++                              ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group"))
 +> 
 +> demo4.aov <- aov(pulse ~ group * time + Error(id), data = demo4)
 +> summary(demo4.aov)
 +
 +Error: id
 +          Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
 +group      1 2542.0    2542     629 2.65e-07 ***
 +Residuals  6   24.3       4                     
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
 +
 +Error: Within
 +           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
 +time        2      1     0.5   0.079    0.925    
 +group:time  2   1736   868.2 137.079 5.44e-09 ***
 +Residuals  12     76     6.3                     
 +---
 +Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
 >  > 
 </code> </code>
r/repeated_measures_anova.1591198997.txt.gz · Last modified: 2020/06/04 00:43 by hkimscil
Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki