COMMunication
RESearch.NET

User Tools

Site Tools

You are here: index » r » social_network_analysis_tutorial
Trace:
r:social_network_analysis_tutorial

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Last revisionBoth sides next revision
r:social_network_analysis_tutorial [2019/11/27 08:20] – [%in%] hkimscilr:social_network_analysis_tutorial [2023/11/23 08:44] – [Edges] hkimscil
Line 1: Line 1:
 ====== T1. ====== ====== T1. ======
 +''%%install.packages("igraph")%%''
 ===== Dataset ===== ===== Dataset =====
 <file csv star-wars-network-edges.csv> <file csv star-wars-network-edges.csv>
Line 701: Line 702:
 </code> </code>
 {{:r:pasted:20191127-075029.png}} {{:r:pasted:20191127-075029.png}}
 +
 +===== Edges =====
 +<code>
 +E(g)$width <- log(E(g)$weight) + 1.5 # create width column in the graph, g
 +edge_attr(g)
 +</code>
 +<code>
 +> E(g)$width <- log(E(g)$weight) + 1.5 # create width column in the graph, g
 +> edge_attr(g)
 +$weight
 + [1] 17 13  6  5  5  3  1  7  5 16 19 11  1  1  2  2
 +[17]  4  1  3  3  2  3 18  2  6 17  1 19  6  1  2  1
 +[33]  7  9 26  1  1  6  1  1 13  1  1  1  1  1  1  2
 +[49]  1  1  3  3  1  1  3  1  2  1  1  1
 +
 +$width
 + [1] 4.333213 4.064949 3.291759 3.109438 3.109438
 + [6] 2.598612 1.500000 3.445910 3.109438 4.272589
 +[11] 4.444439 3.897895 1.500000 1.500000 2.193147
 +[16] 2.193147 2.886294 1.500000 2.598612 2.598612
 +[21] 2.193147 2.598612 4.390372 2.193147 3.291759
 +[26] 4.333213 1.500000 4.444439 3.291759 1.500000
 +[31] 2.193147 1.500000 3.445910 3.697225 4.758097
 +[36] 1.500000 1.500000 3.291759 1.500000 1.500000
 +[41] 4.064949 1.500000 1.500000 1.500000 1.500000
 +[46] 1.500000 1.500000 2.193147 1.500000 1.500000
 +[51] 2.598612 2.598612 1.500000 1.500000 2.598612
 +[56] 1.500000 2.193147 1.500000 1.500000 1.500000
 +</code>
 +
 +<code>
 +par(mar=c(0,0,0,0))
 +plot(g)
 +</code>
 +{{:r:pasted:20191127-080219.png}}
 +
 +<code>
 +par(mfrow=c(2, 3), mar=c(0,0,1,0))
 +plot(g, layout=layout_randomly, main="Random")
 +plot(g, layout=layout_in_circle, main="Circle")
 +plot(g, layout=layout_as_star, main="Star")
 +plot(g, layout=layout_as_tree, main="Tree")
 +plot(g, layout=layout_on_grid, main="Grid")
 +plot(g, layout=layout_with_fr, main="Force-directed")
 +par(mfrow=c(1, 1), mar=c(0,0,0,0)) # set it back to the previous setting
 +</code>
 +{{:r:pasted:20191127-080437.png}}
 +
 +cf. layout_with_fr: The Fruchterman-Reingold layout algorithm see [[https://www.rdocumentation.org/packages/igraph/versions/1.3.5/topics/layout_with_fr]] page
 +<code>
 +par(mfrow=c(1,2))
 +set.seed(777)
 +fr <- layout_with_fr(g, niter=1000)
 +par(mar=c(0,0,0,0)); plot(g, layout=fr)
 +set.seed(666)
 +fr <- layout_with_fr(g, niter=1000)
 +par(mar=c(0,0,0,0)); plot(g, layout=fr)
 +
 +</code>
 +{{:r:pasted:20191127-080758.png}}
 +
 +
 +===== Measurements =====
 +<code>
 +degree(g, mode = "all")
 +closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T)
 +betweenness(g, directed = F, weights = NA, normalized = T)
 +</code>
 +
 +<code>
 +> degree(g, mode = "all")
 +      R2-D2   CHEWBACCA       C-3PO        LUKE DARTH VADER       CAMIE       BIGGS 
 +          7           8          10          15           5           2           7 
 +       LEIA        BERU        OWEN     OBI-WAN       MOTTI      TARKIN         HAN 
 +         12           4           3           7           3           3           8 
 +     GREEDO       JABBA     DODONNA GOLD LEADER       WEDGE  RED LEADER     RED TEN 
 +          1           1           5           5           5           7           2 
 +  GOLD FIVE 
 +          0 
 +> closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T)
 +      R2-D2   CHEWBACCA       C-3PO        LUKE DARTH VADER       CAMIE       BIGGS 
 + 0.38181818  0.38888889  0.40384615  0.44680851  0.32812500  0.32307692  0.36842105 
 +       LEIA        BERU        OWEN     OBI-WAN       MOTTI      TARKIN         HAN 
 + 0.42000000  0.35000000  0.32812500  0.38181818  0.31343284  0.31343284  0.38888889 
 +     GREEDO       JABBA     DODONNA GOLD LEADER       WEDGE  RED LEADER     RED TEN 
 + 0.28767123  0.28767123  0.34426230  0.33870968  0.33870968  0.36842105  0.32307692 
 +  GOLD FIVE 
 + 0.04545455 
 +Warning message:
 +In closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T) :
 +  At centrality.c:2784 :closeness centrality is not well-defined for disconnected graphs
 +> betweenness(g, directed = F, weights = NA, normalized = T)
 +      R2-D2   CHEWBACCA       C-3PO        LUKE DARTH VADER       CAMIE       BIGGS 
 +0.011904762 0.035487528 0.057596372 0.297278912 0.011904762 0.000000000 0.032142857 
 +       LEIA        BERU        OWEN     OBI-WAN       MOTTI      TARKIN         HAN 
 +0.217120181 0.005442177 0.000000000 0.014852608 0.000000000 0.000000000 0.176190476 
 +     GREEDO       JABBA     DODONNA GOLD LEADER       WEDGE  RED LEADER     RED TEN 
 +0.000000000 0.000000000 0.011111111 0.003174603 0.003174603 0.032142857 0.000000000 
 +  GOLD FIVE 
 +0.000000000 
 +> 
 +</code>
 +
 +<code>
 +g.c.deg <- degree(g, mode = "all")
 +g.c.clo <- closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T)
 +g.c.bet <- betweenness(g, directed = F, weights = NA, normalized = T)
 +tmp <- data.frame(g.c.deg, g.c.clo, g.c.bet)
 +tmp[order(-g.c.clo, -g.c.bet),]
 +</code>
 +
 +<code>
 +> g.c.deg <- degree(g, mode = "all")
 +> g.c.clo <- closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T)
 +Warning message:
 +In closeness(g, mode = "all", weights = NA, normalized = T) :
 +  At centrality.c:2784 :closeness centrality is not well-defined for disconnected graphs
 +> g.c.bet <- betweenness(g, directed = F, weights = NA, normalized = T)
 +> tmp <- data.frame(g.c.deg, g.c.clo, g.c.bet)
 +> 
 +> tmp
 +            g.c.deg    g.c.clo     g.c.bet
 +R2-D2             7 0.38181818 0.011904762
 +CHEWBACCA         8 0.38888889 0.035487528
 +C-3PO            10 0.40384615 0.057596372
 +LUKE             15 0.44680851 0.297278912
 +DARTH VADER       5 0.32812500 0.011904762
 +CAMIE             2 0.32307692 0.000000000
 +BIGGS             7 0.36842105 0.032142857
 +LEIA             12 0.42000000 0.217120181
 +BERU              4 0.35000000 0.005442177
 +OWEN              3 0.32812500 0.000000000
 +OBI-WAN           7 0.38181818 0.014852608
 +MOTTI             3 0.31343284 0.000000000
 +TARKIN            3 0.31343284 0.000000000
 +HAN               8 0.38888889 0.176190476
 +GREEDO            1 0.28767123 0.000000000
 +JABBA             1 0.28767123 0.000000000
 +DODONNA           5 0.34426230 0.011111111
 +GOLD LEADER       5 0.33870968 0.003174603
 +WEDGE             5 0.33870968 0.003174603
 +RED LEADER        7 0.36842105 0.032142857
 +RED TEN           2 0.32307692 0.000000000
 +GOLD FIVE         0 0.04545455 0.000000000
 +> 
 +> tmp[order(-g.c.clo, -g.c.bet),]
 +            g.c.deg    g.c.clo     g.c.bet
 +LUKE             15 0.44680851 0.297278912
 +LEIA             12 0.42000000 0.217120181
 +C-3PO            10 0.40384615 0.057596372
 +HAN               8 0.38888889 0.176190476
 +CHEWBACCA         8 0.38888889 0.035487528
 +OBI-WAN           7 0.38181818 0.014852608
 +R2-D2             7 0.38181818 0.011904762
 +BIGGS             7 0.36842105 0.032142857
 +RED LEADER        7 0.36842105 0.032142857
 +BERU              4 0.35000000 0.005442177
 +DODONNA           5 0.34426230 0.011111111
 +GOLD LEADER       5 0.33870968 0.003174603
 +WEDGE             5 0.33870968 0.003174603
 +DARTH VADER       5 0.32812500 0.011904762
 +OWEN              3 0.32812500 0.000000000
 +CAMIE             2 0.32307692 0.000000000
 +RED TEN           2 0.32307692 0.000000000
 +MOTTI             3 0.31343284 0.000000000
 +TARKIN            3 0.31343284 0.000000000
 +GREEDO            1 0.28767123 0.000000000
 +JABBA             1 0.28767123 0.000000000
 +GOLD FIVE         0 0.04545455 0.000000000
 +> 
 +</code>
 +
 +<code>
 +g.c.bac <- distances(g, v=V(g)["R2-D2"], to=V(g), weights=NA)
 +g.c.bac
 +</code>
 +
 +<code>
 +> g.c.bac <- distances(g, v=V(g)["R2-D2"], to=V(g), weights=NA)
 +> g.c.bac
 +      R2-D2 CHEWBACCA C-3PO LUKE DARTH VADER CAMIE BIGGS LEIA BERU OWEN OBI-WAN MOTTI
 +R2-D2     0         1     1    1           2     2     2    1    2    2       1     2
 +      TARKIN HAN GREEDO JABBA DODONNA GOLD LEADER WEDGE RED LEADER RED TEN GOLD FIVE
 +R2-D2      2   1      2     2       1           2     2          2       2       Inf
 +</code>
  
r/social_network_analysis_tutorial.txt · Last modified: 2023/11/23 08:50 by hkimscil
Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki